Rengöringsmetoden för PCB måste väljas på lämpligt sätt baserat på typen av förorening och användningsscenariot; en enstaka-storlek-passar-för alla är inte möjlig. För rutinmässig rengöring efter tillverkning eller reparation är den vanligaste metoden att torka med vattenfri alkohol eller specialiserade elektroniska rengöringsmedel. Dessa lösningsmedel avdunstar snabbt och lämnar lite rester, vilket gör dem lämpliga för att ta bort flussrester, lätta oljefläckar och damm. Under drift används vanligtvis en luddfri trasa eller mjuk borste för att försiktigt torka längs kretslinjernas riktning, för att undvika överdriven kraft som kan lossa komponenter eller skada lödfogar. För områden med allvarlig lokal förorening kan en punkt-till-rengöringsmetod användas, som åtgärdar problemet gradvis istället för att upprepade gånger torka av stora ytor.
Om det finns envisa föroreningar på PCB, som kolofoniumansamling, industriella oljefläckar eller rester som bildas av-långvarig oxidation, kan ultraljudsrengöring övervägas. Denna metod innebär att kretskortet sänks ned i en specialiserad rengöringslösning, där kavitationseffekten som genereras av hög-vibrationer avlägsnar föroreningar från små sprickor, vilket resulterar i en mer grundlig rengöring än manuella metoder. Det är dock viktigt att kontrollera rengöringstiden och vätskesammansättningen för att undvika att skada känsliga komponenter (som kontakter, reläer och mikrofoner). Efter rengöring är noggrann torkning viktigt; annars kan kvarvarande fukt orsaka kortslutning eller korrosion.
